с помощью powershell

Stop-Service "Zabbix Agent" -PassThru
Copy-Item -Path "\\mi-file01\Users_Data\bit\agent_3.4.14\win64\zabbix_*" -Destination "C:\zabbix\" -Force -PassThru
Start-Service "Zabbix Agent" -PassThru

удаленно это можно сделать с помощью команды

Enter-PSSession -ComputerName mi-term06

скомпилированный агент с поддержкой SSL лежит здесь

https://support.zabbix.com/browse/ZBXNEXT-3047

Обновление конфигурации zabbix-агента

Copy-Item -Path "\\mi-file01\Users_Data\bit\zabbix\*" -Exclude "server.conf" -Recurse -Destination "C:\zabbix\" -Force -PassThru
Restart-Service "Zabbix Agent" -PassThru